Pada Tahun 1975 menjadi  PGAN  4 tahun dan 6 Tahun, sekaligus peresmian Gedung Madrasah,  Kantor dan  Aula oleh  Menteri Agama RI, bapak Prof. Dr. H. A. Mukti Ali . Pada Dekade  Tahun 1992 PGAN 6 Tahun beralih fungsi menjadi MAN 2 Palu Berdasarkan SK. Menteri Agama RI No. 64 Thn 1990, pada  Tahun 1998 MAN 2 Palu beralih  menjadi MAN 2 Model Palu Berdasarkan SK. DIRJEN BINBAGAIS DEPAG RI. No. E.IV/PP-00.6/KEP/17.A/98. Dan pada tanggal 26 November 2016 berubah menjadi MAN 2 Kota Palu berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 680 Tahun 2016.

Identitas Madrasah

Daftar Kepala Madrasah Setiap Periode

1.      Zubir Zein Garupa, BA                                                               Tahun  1963 – 1981

2.      Drs. H.M. Dahlan Petalolo                                                         Tahun  1981 – 1983 

3.      Drs. H.M. Dahlan Petalolo                                                         Tahun  1983 – 1988

4.      Drs. H. Ahmad Yamani                                                              Tahun  1988 – 1989

5.      Dra. Hj. Siti Mahra B.                                                                  Tahun  1989 – 1992

Tahun  1992  PGAN  menjadi  MAN 2 Palu

6.      Drs. H. Abdullah  Sada                                                               Tahun  1992 – 1998

Tahun  1998 menjadi  MAN 2 Model  Palu

7.      Drs. H. Taufikurahman                                                               Tahun  1998 – 2001

8.      Taufik Abd. Rahim, S.Ag.,M.Ag                                                 Tahun 2011 – 2017

Tanggal 26 November 2016 berubah menjadi MAN 2 Kota Palu

9.      H. Muhammad Fadly, S.Ag., M.Ag                                           Tahun 2017 – 2018

10.   Drs. H. Muhammad Anas, M.Pd.I                                             Tahun 2019 – 2021

11.   H. Muh. Syamsu Nursi, S. Pd. i., MM                                        Tahun 2021 - Sekarang

Kedudukannya:

Madrasah Aliyah adalah Sekolah Menengah Umum Yang berciri khas Agama Islam yang diselenggarakan oleh Kementerian Agama. nMAN 2 Kota Palu adalah Unit Pelaksana Teknis Kementerian Agama dibidang Pendidikan yang secara Operasional bertanggung Jawab kepada Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Sulawesi Tengah, secara administratif  bertanggung jawab kepada  Kantor Kementerian Agama Kota Palu

MAN 2 Kota Palu adalah salah satu MAN yang berfungsi sebagai Sekolah Percontohan serta memiliki  sarana & prasarana lengkap sebagai Pusat  Sumber Belajar Bersama (PSBB); juga merupakan tempat  pemberdayaan untuk menumbuhkembangkan kemandirian bagi  Madrasah dan Masyarakat Sulawesi Tengah.

Upaya Pembinaan dan Penataan terus dikembangkan dengan melakukan pembaharuan pada substansi pendidikan, pembaharuan metodologi, Pengembangan sarana/ prasarana, perluasan fungsi  Madrasah, dari Pengembangan Pendidikan sampai Pengembangan Sosial Ekonomi  dan Imtaq (Iman & Taqwa).